COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 1.714347 1.714347 1.753556
2021-07-01 17:00:00 1.908265 1.908265 1.762253
2021-06-30 17:00:00 1.765723 1.765723 1.771292
2021-06-29 17:00:00 1.501747 1.501747 1.771798
2021-06-28 17:00:00 1.749415 1.749415 1.797298
2021-06-27 17:00:00 2.053571 2.053571 1.824068
2021-06-26 17:00:00 1.550990 1.550990 1.851085

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 1.721557 1.721557 2.235172
2021-07-01 17:00:00 4.694836 4.694836 2.272767
2021-06-30 17:00:00 2.771180 2.771180 2.219816
2021-06-29 17:00:00 2.795899 2.795899 2.142502
2021-06-28 17:00:00 0.404858 0.089445 2.035791
2021-06-27 17:00:00 1.854220 1.854220 1.972566
2021-06-26 17:00:00 0.905387 1.678556 1.968397

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 1.465201 1.465201 3.800947
2021-07-01 17:00:00 7.142857 7.142857 4.219491
2021-06-30 17:00:00 3.333333 3.333333 4.324869
2021-06-29 17:00:00 2.564103 2.564103 4.442678
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 4.401721
2021-06-27 17:00:00 7.971014 7.971014 4.833333
2021-06-26 17:00:00 5.039788 6.959707 4.951072

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 0.732394 0.732394 1.485542
2021-07-01 17:00:00 1.453175 1.453175 1.503861
2021-06-30 17:00:00 1.799856 1.799856 1.616655
2021-06-29 17:00:00 1.250000 1.250000 1.596019
2021-06-28 17:00:00 0.724638 0.724638 1.582815
2021-06-27 17:00:00 2.777778 2.777778 1.637790
2021-06-26 17:00:00 2.028509 2.028509 1.810560

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 5.587229 5.587229 6.595861
2021-07-01 17:00:00 4.969810 4.969810 6.699539
2021-06-30 17:00:00 6.802721 6.802721 6.782198
2021-06-29 17:00:00 8.527697 8.527697 6.853466
2021-06-28 17:00:00 6.434316 13.739946 7.168682
2021-06-27 17:00:00 6.547209 6.547209 7.341337
2021-06-26 17:00:00 6.036122 6.036122 7.411690

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 3.463855 3.463855 3.876789
2021-07-01 17:00:00 4.375897 4.375897 3.961738
2021-06-30 17:00:00 2.258469 3.701380 3.954370
2021-06-29 17:00:00 2.257053 2.257053 3.903631
2021-06-28 17:00:00 8.755130 4.505456 4.063659
2021-06-27 17:00:00 4.903537 4.903537 4.174488
2021-06-26 17:00:00 4.492053 4.492053 4.321925

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 2.896552 2.896552 1.533401
2021-07-01 17:00:00 2.060440 2.060440 1.563882
2021-06-30 17:00:00 1.304348 1.304348 1.511861
2021-06-29 17:00:00 1.718582 1.718582 1.493619
2021-06-28 17:00:00 0.826446 0.324149 1.421508
2021-06-27 17:00:00 0.823893 0.823893 1.360774
2021-06-26 17:00:00 1.329601 1.329601 1.336656

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 2.540691 2.540691 2.607429
2021-07-01 17:00:00 2.538787 2.538787 2.636504
2021-06-30 17:00:00 2.388759 2.388759 2.670561
2021-06-29 17:00:00 1.803922 1.803922 2.659988
2021-06-28 17:00:00 3.354839 3.354839 2.694804
2021-06-27 17:00:00 3.647059 3.647059 2.694313
2021-06-26 17:00:00 2.268160 2.268160 2.696400

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 0.729927 0.729927 0.716493
2021-07-01 17:00:00 0.761421 0.761421 0.717684
2021-06-30 17:00:00 0.730460 0.730460 0.719048
2021-06-29 17:00:00 0.879917 0.517598 0.719814
2021-06-28 17:00:00 0.000000 2.512563 0.728366
2021-06-27 17:00:00 0.801925 0.801925 0.733371
2021-06-26 17:00:00 0.379687 0.379687 0.778855

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 1.078431 1.078431 1.097812
2021-07-01 17:00:00 1.091405 1.091405 1.109532
2021-06-30 17:00:00 1.174542 1.174542 1.113715
2021-06-29 17:00:00 0.891476 1.173474 1.119756
2021-06-28 17:00:00 0.810002 1.119501 1.103091
2021-06-27 17:00:00 1.018313 1.018313 1.103627
2021-06-26 17:00:00 0.804308 0.984589 1.119671

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 2.975558 2.975558 1.456859
2021-07-01 17:00:00 4.655870 1.315789 1.421537
2021-06-30 17:00:00 1.222494 1.569859 1.372415
2021-06-29 17:00:00 0.798403 0.798403 1.369412
2021-06-28 17:00:00 0.840336 0.319829 1.363195
2021-06-27 17:00:00 1.340206 1.340206 1.363878
2021-06-26 17:00:00 0.563698 1.578354 1.363075

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 0.342991
2021-07-01 17:00:00 0.373134 0.373134 0.440738
2021-06-30 17:00:00 0.381679 0.381679 0.472276
2021-06-29 17:00:00 0.000000 0.000000 0.496970
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 0.504161
2021-06-27 17:00:00 2.015677 0.518135 0.630743
2021-06-26 17:00:00 1.012658 1.012658 0.720854

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 3.252033 3.252033 2.378220
2021-07-01 17:00:00 5.577689 1.593625 2.410163
2021-06-30 17:00:00 1.020408 1.020408 2.589611
2021-06-29 17:00:00 4.060914 4.060914 2.597847
2021-06-28 17:00:00 3.191489 1.694915 2.613134
2021-06-27 17:00:00 1.041667 1.041667 2.748446
2021-06-26 17:00:00 4.123711 4.123711 2.876735

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 1.026393 1.026393 0.787236
2021-07-01 17:00:00 0.863558 0.863558 0.760565
2021-06-30 17:00:00 1.525054 1.525054 0.776177
2021-06-29 17:00:00 0.760456 0.760456 0.754351
2021-06-28 17:00:00 0.512821 0.178731 0.751717
2021-06-27 17:00:00 0.245700 0.245700 0.734057
2021-06-26 17:00:00 0.375940 0.375940 0.736999

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 0.425170 0.425170 0.621224
2021-07-01 17:00:00 0.456725 0.456725 0.644164
2021-06-30 17:00:00 0.780031 0.780031 0.683200
2021-06-29 17:00:00 0.662535 0.662535 0.709020
2021-06-28 17:00:00 0.504505 0.504505 0.731799
2021-06-27 17:00:00 0.935990 0.935990 0.753111
2021-06-26 17:00:00 0.484357 0.829689 0.778341

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 2.524956 2.524956 2.780221
2021-07-01 17:00:00 3.110420 3.110420 2.769494
2021-06-30 17:00:00 2.042007 2.042007 2.876458
2021-06-29 17:00:00 3.478774 3.478774 2.979536
2021-06-28 17:00:00 0.726392 0.726392 2.985539
2021-06-27 17:00:00 5.092593 5.092593 3.102253
2021-06-26 17:00:00 2.939686 2.939686 3.235667

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 1.178689 0.612918 0.649842
2021-07-01 17:00:00 0.568182 0.568182 0.657911
2021-06-30 17:00:00 0.885878 0.885878 0.674296
2021-06-29 17:00:00 0.533721 0.533721 0.651988
2021-06-28 17:00:00 0.157729 0.054363 0.653331
2021-06-27 17:00:00 1.126972 1.126972 0.657368
2021-06-26 17:00:00 1.083238 1.083238 0.660288

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 3.400355 3.400355 2.927310
2021-07-01 17:00:00 3.068996 3.068996 2.877934
2021-06-30 17:00:00 2.849117 2.849117 2.923966
2021-06-29 17:00:00 2.159215 2.159215 2.887149
2021-06-28 17:00:00 2.615193 2.615193 2.900310
2021-06-27 17:00:00 4.819800 4.819800 2.968080
2021-06-26 17:00:00 2.725933 2.725933 3.042201

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 1.390221 1.390221 0.930143
2021-07-01 17:00:00 1.119561 1.119561 0.957483
2021-06-30 17:00:00 0.768751 0.768751 0.966657
2021-06-29 17:00:00 0.389105 0.389105 0.949183
2021-06-28 17:00:00 1.786681 0.737595 0.952630
2021-06-27 17:00:00 0.934330 0.934330 0.971883
2021-06-26 17:00:00 1.200924 1.200924 0.994936

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 1.810865 1.810865 1.502710
2021-07-01 17:00:00 0.443131 0.443131 1.566037
2021-06-30 17:00:00 1.353638 1.353638 1.696868
2021-06-29 17:00:00 1.398601 1.398601 1.746892
2021-06-28 17:00:00 0.000000 1.659751 1.799855
2021-06-27 17:00:00 1.395349 1.395349 1.889754
2021-06-26 17:00:00 3.167421 3.167421 1.952442

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 0.000000 0.000000 1.172654
2021-07-01 17:00:00 1.058201 1.058201 1.190869
2021-06-30 17:00:00 2.941176 2.941176 1.175917
2021-06-29 17:00:00 1.775148 2.884615 1.157037
2021-06-28 17:00:00 0.000000 0.000000 1.129528
2021-06-27 17:00:00 1.000000 1.000000 1.170072
2021-06-26 17:00:00 0.000000 0.000000 1.198652

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-07-02 17:00:00 3.082747 3.082747 2.152900
2021-07-01 17:00:00 2.340426 1.617021 2.127367
2021-06-30 17:00:00 2.713987 2.713987 2.127523
2021-06-29 17:00:00 1.843765 1.843765 2.103915
2021-06-28 17:00:00 2.642008 1.062417 2.062740
2021-06-27 17:00:00 2.947224 2.947224 2.042468
2021-06-26 17:00:00 1.870079 1.870079 2.079015

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 1.721557 1.721557 2.235172
Basilicata 1.465201 1.465201 3.800947
Calabria 0.732394 0.732394 1.485542
Campania 5.587229 5.587229 6.595861
Emilia-Romagna 3.463855 3.463855 3.876789
Friuli Venezia Giulia 2.896552 2.896552 1.533401
Lazio 2.540691 2.540691 2.607429
Liguria 0.729927 0.729927 0.716493
Lombardia 1.078431 1.078431 1.097812
Marche 2.975558 2.975558 1.456859
Molise 0.000000 0.000000 0.342991
P.A. Bolzano 3.252033 3.252033 2.378220
P.A. Trento 1.026393 1.026393 0.787236
Piemonte 0.425170 0.425170 0.621224
Puglia 2.524956 2.524956 2.780221
Sardegna 1.178689 0.612918 0.649842
Sicilia 3.400355 3.400355 2.927310
Toscana 1.390221 1.390221 0.930143
Umbria 1.810865 1.810865 1.502710
Valle d'Aosta 0.000000 0.000000 1.172654
Veneto 3.082747 3.082747 2.152900

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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